在中国境内，企业所得税是对企业经营活动中产生的利润进行征收的一种直接税。对于跨省公司而言，由于不同地区可能会有不同的政策规定和具体实施细则，因此其所得税的计算、申报以及实际缴纳金额都将受到这些因素的影响。因此，对于那些年收入达到100万以上的跨省公司来说，他们需要特别注意如何合理规划，并根据不同地区的情况来调整自己的财务管理和税务处理。

首先，我们需要明确的是，在中国境内，不同地区对百万元以上企业所得税征收率并不相同。一般情况下，中央政府定下的基本征收率为20%，但各个地方政府根据自身经济发展水平、产业结构等因素，可以适当调整此比例，从而形成了一个相对复杂的体制。在某些特殊情况下，如特区或经济发达区域，这个比例可能会降低到15%或者更低；反之，如果是在资源较丰富但工业基础薄弱的地方，这个比例可能会上升至25%甚至更高。

其次，除了基本征收率之外，还有一些其他因素也会影响最终应纳非稀释盈余（即纳入计算总利润）用于计算企业所得税的金额。这包括但不限于营业成本、折旧摊销、研发费用等。此外，一些国家级或地方性优惠政策，也可以减少部分应纳额度，使得实际支付的企业所得税比理论上的20%要低。

再者，跨省公司还需关注的是各地关于增值型服务费用的差异化管理策略。在一些城市，比如北京、上海等大都市，其增值型服务费用的标准往往比其他小城镇要高，而这部分费用也是计入应纳非稀释盈余中的。但如果该项目本身就在这些城市进行，那么就应该按照这个城市本地规定来进行计算和申报。

此外，对于跨省公司而言，还有一点很重要就是时间节点问题。当一个项目从一座城市转移到另一座时，无论是因为搬迁还是扩张，都必须注意时间节点的问题，因为每个月末都是新的账期开始。如果这一过程发生在月末，那么原来的账期结束后所有相关支出都应当被记录并计入当前月份，而新账期开始后则需按新地点执行相关规则。这样做不仅可以避免误算，而且能够准确把握每一笔支出的正确位置，以便及时完成年度预算计划，并针对不同阶段的人力资源需求做好准备。

最后，但绝不是最不重要的一点，就是与专业人士合作以获得最佳结果。在处理涉及多个行政区域的大规模运营业务时，最好的方法之一是寻求专业财务顾问或审计师协助，以确保你的财务记录完全符合当地法律法规，并且最大限度利用可用的减免措施。此外，他们通常也能提供有益见解，为你指引最佳操作路径，即使面临着日益复杂化的情形也不失为良策。

综上所述，对于那些年收入达到100万以上且遍布全国多个地域的大型跨省公司来说，他们需要通过精心打磨自己的财务管理体系，将各种收益与开支分配到正确的地理位置，同时保持与当地政府部门良好的沟通渠道，以便顺畅流动并有效利用各种减免措施。而对于如何合理安排资金流和成本控制以减少百万元利润交多少企业所得税负担，则是一个既考验实战经验又要求深厚知识储备的问题。