在羊养殖场，实施有效的消毒制度至关重要。这不仅包括定期对羊舍、用具、地面土壤、粪便和污水进行消毒，还涉及到对皮毛等物品的清洁。首先，羊舍应保持干燥、通风、冬暖夏凉，并且每周进行一次消毒。通常这两步骤分开执行：第一步是使用机械设备进行清扫；第二步则是使用消毒液。整个羊舍可以使用2-4%的氢氧化钠或1:1800-3000比例的百毒杀进行消毒。

其次，在进入羊场之前，应当设立一个专门的消毒室。在这个房间内，墙壁和顶部配备紫外线灯，而地面则铺设含有4%氢氧化钠溶液浸泡过的麻袋片或草垫。员工必须更换鞋子并穿上专用的工作服，并记录下自己的信息。此外，大门附近车辆出入时也应经过喷洒4%氢氧化钠溶液或3%过氧乙酸等化学药剂来实现自我净化。

在实际操作中，将这些药剂装入喷雾器后，对天花板、墙壁和地面均要进行喷洒，然后打开窗户以通风，以此去除残留药味。此外，还需用清水将饲槽和其他工具彻底冲洗干净，以避免任何残留物质可能造成的问题。

对于那些没有动物居住但环境密闭的情况下的特殊处理方法，则是关闭所有门窗，用福尔马林熏蒸12-24小时后再开启窗户通风至少24小时。在这种情况下，每立方米空间需要25-50毫升福尔马林，加热使其蒸发即可完成大规模灭菌。而一般情况下，每周应该至少有一次小范围内部清理，每年还会有两次全面的大规模清洁活动。

在产羔期间尤其要注意产房的卫生管理，一般来说在产羔前就要做好准备，再生产高峰期频繁检查，最终产羔结束后再次深度消杀。此外，对于隔离病害区域，如病猪棚或者隔离区入口处，都应该放置带有4%氢氧化钠溶液浸泡的地毯或者草垫，这样可以防止疾病传播扩散。

在地面上的土壤表层，可以通过10%漂白粉溶液、4%福尔马林或10%氢氧化钠解决问题。而对于那些存放了感染芽胞杆菌（如炭疽）的死体的地方，则需要特别严格地处理。当发现这种情况时，要先用漂白粉涂抹整个区域，然后挖掘30厘米左右厚度的地土层撒上干漂白粉与土混合，最终将这些被污染的地土运输至安全地点妥善埋藏。

最后，对于粪便，其主要处理方式是一种生物热法，即将粪便堆积成一堆，在一定距离之外（100-200米）设置“粪池”，加入少量水，上覆盖湿泥封严，让其自然发酵30天以上之后，便可作为肥料使用。而对于污水，也常见采用引流到处理池中加以化学药剂（如漂白粉）制成悬浮物进行灭活，用量视污水多少而定，一般为每升污水加入2-5克漂白粉即可完成循环利用过程。